Metamorphosys

Xenopus tropicalis est un amphibien anoure de la classe des pipidés. Son génome est séquencé et il est utilisé comme organisme modèle en biologie. C’est un cousin de l’esspèce Xenopus laevis.

Sous-rubriques

  • Thèmes de recherche
  • Nous étudions le génome de l’amphibien anoure Xenopus tropicalis au travers de trois thématiques :
    structure du génome, en caractérisant les différentes familles de transposons à ADN chez les xénopes et en les utilisant dans des expériences d’ingéniérie du génome
    expression du génome, en caractérisant les transcriptomes au cours de l’ontogenèse (développement précoce et métamorphose)
    évolution des génomes, en analysant l’évolution des transposons et de gènes régulateurs de l’ontogenèse
    Objectifs
    Les recherches de l’équipe s’inscrivent dans le cadre de (...)
  • Xenopus Web links
  • Expression patterns
    Axeldb
    XDB
    Xenbase
    XEXTDB
    Expressed Sequence Tags
    X. tropicalis Gurdon Institute FL database
    X. tropicalis @ Sanger Institute
    Xenopus Gene Collection
    XDB
    Xtscope
    X. laevis Unigene
    X. laevis Gene Index at DFCI
    X. tropicalis Unigene
    X. tropicalis Gene Index at DFCI
    WashU Xenopus EST project is obsolete.
    XendDB (X. laevis)
    Full-length cDNA sequencing
    Xenopus Gene Collection
    X. tropicalis @ Sanger Institute
    Physical Mapping
    X. tropicalis WashU physical mapping
    Xenopus BACPAC resources
    [ISB X. tropicalis BAC library -> (...)
  • Research Topics
  • Over the past years, biology has experienced a profound series of paradigm changes. The genome project has catalysed the emergence of a new view of biology, namely the idea that it is an information science.
    Global expression analysis has shown that the highly coordinate expression of genes functioning in common processes is a widespread phenomenon in eukaryotes. By combining DNA-binding site information with gene expression data, one can begin to precisely map transcriptional networks. There is now a great need for the application and the improvement of functional genomics tools to study (...)

Articles

  • Functional Genomics of Xenopus tropicalis, 1 June 2005
  • Systematic identification of X. tropicalis genes
    A direct access to the biggest part of the information encoded in the genomes, the protein coding genes, is possible by sampling cDNA libraries. Collections of cDNA sequences can be used to have a global view on genome expression in a given cell type by the estimation of the abundance of the different mRNA species (through signatures). They can as well be used to establish transcripts catalogues.
    In collaboration with Genoscope we are (...)
  • Base de données Xénopuces, 27 mars 2006
  • La base de données Xénopuces permet d’accéder aux données d’annotation relatives aux transcrits pour lesquels il existe une sonde sur la puce à ADN "Xénopuces". The Xénopuces database enables browsing and querying the annotations relative to the microarray "Xénopuces".
  • X-Omics Newsletter Number 1, 25 June 2006
  • Report from the X-OMICS Preliminary Bioinformatics Workshop - Orsay, 17th June 2005.
  • Finding Full-Length Clones in the Gurdon EST database, 24 July 2006
  • This tutorial should help you navigate the Gurdon database of Xenopus tropicalis ESTs analysed using Mike Gilchrist "distiller".
  • Xtscope, 18 mai 2007
  • xtscope est notre base de données concernant l’annotation d’ESTs de X. tropicalis.
  • Scientific Production, 27 septembre 2007
  • Peer Reviewed International journals
    2010
    Hellsten, U., Harland, R.M., Gilchrist, M.J., Hendrix, D., Jurka, J., Kapitonov, V., Ovcharenko, I., Putnam, N.H., Shu, S., Taher, L., Blitz, I.L., Blumberg, B., Dichmann, D.S., Dubchak, I., Amaya, E., Detter, J.C., Fletcher, R., Gerhard, D.S., Goodstein, D., Graves, T., Grigoriev, I.V., Grimwood, J., Kawashima, T., Lindquist, E., Lucas, S.M., Mead, P.E., Mitros, T., Ogino, H., Ohta, Y., Poliakov, A.V., Pollet N, Robert, J., Salamov, A., Sater, (...)
  • Publications du laboratoire, 18 septembre 2003
  • Les publications des membres du laboratoire.
  • X-Omics Newsletter Number 4, 1 September 2009
  • Activities within X-Omics over the last and final eighteen months.

Breves

  • Abonnez-vous à TROPLIST, 23 juin 2006
  • Restez branchés ! Inscrivez-vous à la liste de diffusion TROPLIST sur X. tropicalis (maintenue par Nick Hirsch) Au menu : informations et questions techniques en tous genres.
  • Gurdon Institute X. tropicalis new EST "distillation"., 26 November 2007
  • A new distillation of the last batches of X. tropicalis EST was made by Mike Gilchrist.
    NEW Xt7 EST CLUSTERING : Updated EST clustering data now includes 1.22 million X.tropicalis ESTs, covering new JGI-sequenced libraries.
  • Xenopus quickApps , 11 May 2009
  • Three new applications to explore Xenopus genomic data are now available at the Gurdon Institute web server :
    quickImage, an image search engine (essentially ISH pictures),
    quickLit, to retrieve gene-specific literature
    quickGene, a tool to explore gene names.
    Do not hesitate to read the (...)
  • Do you XENmark your in situ’s ?, 11 May 2009
  • XenMARK is a new database of Xenopus gene expression patterns.
    Users can formulate queries by specific location or region in the embryo. Pattern matching can be driven either from an existing in situ image, or from a user-defined pattern based on development stage schematic diagrams.
    The data (...)